#!/usr/bin/env python

__author__ = "Randall J. Radmer"
__version__ = "1.0"
__doc__ = """Simple test of Bosco K. Ho's rmsd code""".

import simtk.utils.rmsd as rms
import pprint
pp = pprint.PrettyPrinter(indent=4)

coordsRef=[]
coords=[]
for ii in range(3):
    coordsRef.append( [3*ii, 3*ii+1, 3*ii+2] )
    coords.append( (coordsRef[ii][0]+10,
                    coordsRef[ii][1]+100,
                    coordsRef[ii][2]+1000) )


pp.pprint(coordsRef)
pp.pprint(coords)

print rms.fast_rmsd(coordsRef=tuple(coordsRef),
                    coords=tuple(coords),
                    transposeCoordsRef=False,
                    transposeCoords=False)