# solve protein structure using NMR distance constraints #compare results to 1UAO.short.pdb . protein A 1 GYDPETGTWG firstStage 1 lastStage 1 # turn on MD force field terms: globalAmberImproperTorsionScaleFactor 1 globalBondBendScaleFactor 1 globalBondStretchScaleFactor 1 globalBondTorsionScaleFactor 1 globalCoulombScaleFactor 1 globalVdwScaleFactor 1 temperature 1.0 # These distance constraints came from 1UAO-disre-simple.txt: atomTether A 7 N A 3 O 3.500 300.00 atomTether A 7 H A 3 O 2.500 300.00 atomTether A 1 2HA A 2 H 3.500 300.00 atomTether A 1 2HA A 9 HE3 4.500 300.00 atomTether A 1 2HA A 9 HZ3 4.500 300.00 atomTether A 2 HA A 2 2HB 3.500 300.00 atomTether A 2 HA A 2 HD1 3.500 300.00 atomTether A 2 HA A 2 HD2 3.500 300.00 atomTether A 2 HA A 2 HE1 6.000 300.00 atomTether A 2 HA A 2 HE2 6.000 300.00 atomTether A 2 HA A 2 H 4.500 300.00 atomTether A 2 2HB A 2 HD1 3.500 300.00 atomTether A 2 2HB A 2 HD2 3.500 300.00 atomTether A 2 2HB A 2 H 3.500 300.00 atomTether A 2 HD1 A 2 H 4.500 300.00 atomTether A 2 HD2 A 2 H 4.500 300.00 atomTether A 2 HA A 3 H 2.800 300.00 atomTether A 2 2HB A 3 H 6.000 300.00 atomTether A 2 HD1 A 3 H 4.500 300.00 atomTether A 2 HD2 A 3 H 4.500 300.00 atomTether A 2 HE1 A 3 HA 6.000 300.00 atomTether A 2 HE2 A 3 HA 6.000 300.00 atomTether A 2 HE1 A 3 H 6.000 300.00 atomTether A 2 HE2 A 3 H 6.000 300.00 atomTether A 2 H A 3 H 6.000 300.00 atomTether A 2 2HB A 4 2HD 4.500 300.00 atomTether A 2 HD1 A 4 HA 4.500 300.00 atomTether A 2 HD2 A 4 HA 4.500 300.00 atomTether A 2 HD1 A 4 2HB 6.000 300.00 atomTether A 2 HD2 A 4 2HB 6.000 300.00 atomTether A 2 HD1 A 4 2HD 4.500 300.00 atomTether A 2 HD2 A 4 2HD 4.500 300.00 atomTether A 2 HD1 A 4 2HG 4.500 300.00 atomTether A 2 HD2 A 4 2HG 4.500 300.00 atomTether A 2 HE1 A 4 HA 3.500 300.00 atomTether A 2 HE2 A 4 HA 3.500 300.00 atomTether A 2 HE1 A 4 2HB 4.500 300.00 atomTether A 2 HE2 A 4 2HB 4.500 300.00 atomTether A 2 HD1 A 7 H 6.000 300.00 atomTether A 2 HD2 A 7 H 6.000 300.00 atomTether A 2 HE1 A 7 2HA 4.500 300.00 atomTether A 2 HE2 A 7 2HA 4.500 300.00 atomTether A 2 HE1 A 7 H 6.000 300.00 atomTether A 2 HE2 A 7 H 6.000 300.00 atomTether A 2 HD1 A 8 HA 6.000 300.00 atomTether A 2 HD2 A 8 HA 6.000 300.00 atomTether A 2 HE1 A 8 HA 4.500 300.00 atomTether A 2 HE2 A 8 HA 4.500 300.00 atomTether A 2 HE1 A 8 H 6.000 300.00 atomTether A 2 HE2 A 8 H 6.000 300.00 atomTether A 2 HA A 9 HA 4.500 300.00 atomTether A 2 HA A 9 HE3 4.500 300.00 atomTether A 2 2HB A 9 HZ3 6.000 300.00 atomTether A 2 HD1 A 9 HA 4.500 300.00 atomTether A 2 HD2 A 9 HA 4.500 300.00 atomTether A 2 HD1 A 9 2HB 6.000 300.00 atomTether A 2 HD2 A 9 2HB 6.000 300.00 atomTether A 2 HD1 A 9 HD1 4.500 300.00 atomTether A 2 HD2 A 9 HD1 4.500 300.00 atomTether A 2 HD1 A 9 HE1 4.500 300.00 atomTether A 2 HD2 A 9 HE1 4.500 300.00 atomTether A 2 HD1 A 9 HE3 6.000 300.00 atomTether A 2 HD2 A 9 HE3 6.000 300.00 atomTether A 2 HD1 A 9 HH2 6.000 300.00 atomTether A 2 HD2 A 9 HH2 6.000 300.00 atomTether A 2 HD1 A 9 H 6.000 300.00 atomTether A 2 HD2 A 9 H 6.000 300.00 atomTether A 2 HD1 A 9 HZ2 6.000 300.00 atomTether A 2 HD2 A 9 HZ2 6.000 300.00 atomTether A 2 HD1 A 9 HZ3 6.000 300.00 atomTether A 2 HD2 A 9 HZ3 6.000 300.00 atomTether A 2 HE1 A 9 HD1 6.000 300.00 atomTether A 2 HE2 A 9 HD1 6.000 300.00 atomTether A 2 HE1 A 9 HE1 6.000 300.00 atomTether A 2 HE2 A 9 HE1 6.000 300.00 atomTether A 2 HE1 A 9 H 6.000 300.00 atomTether A 2 HE2 A 9 H 6.000 300.00 atomTether A 2 H A 9 HE3 6.000 300.00 atomTether A 2 H A 9 HZ3 6.000 300.00 atomTether A 3 HA A 3 2HB 4.500 300.00 atomTether A 3 HA A 3 H 4.500 300.00 atomTether A 3 2HB A 3 H 3.500 300.00 atomTether A 3 HA A 4 2HD 4.500 300.00 atomTether A 3 H A 4 2HD 6.000 300.00 atomTether A 3 HA A 5 H 4.500 300.00 atomTether A 3 2HB A 5 H 6.000 300.00 atomTether A 3 2HB A 6 1HG2 4.500 300.00 atomTether A 3 2HB A 6 2HG2 4.500 300.00 atomTether A 3 2HB A 6 3HG2 4.500 300.00 atomTether A 3 2HB A 6 H 4.500 300.00 atomTether A 3 H A 6 1HG2 6.000 300.00 atomTether A 3 H A 6 2HG2 6.000 300.00 atomTether A 3 H A 6 3HG2 6.000 300.00 atomTether A 3 2HB A 7 H 4.500 300.00 atomTether A 3 2HB A 8 HB 6.000 300.00 atomTether A 3 2HB A 8 H 4.500 300.00 atomTether A 3 H A 8 H 4.500 300.00 atomTether A 4 HA A 4 2HB 3.500 300.00 atomTether A 4 2HB A 4 2HD 4.500 300.00 atomTether A 4 2HB A 4 2HG 2.800 300.00 atomTether A 4 2HD A 4 2HG 3.500 300.00 atomTether A 4 HA A 5 H 4.500 300.00 atomTether A 4 2HB A 5 H 6.000 300.00 atomTether A 4 2HD A 5 H 6.000 300.00 atomTether A 4 2HG A 5 HA 6.000 300.00 atomTether A 4 2HG A 5 H 4.500 300.00 atomTether A 4 HA A 6 H 6.000 300.00 atomTether A 4 HA A 7 H 4.500 300.00 atomTether A 5 HA A 5 2HB 3.500 300.00 atomTether A 5 HA A 5 2HG 4.500 300.00 atomTether A 5 HA A 5 H 3.500 300.00 atomTether A 5 2HB A 5 2HG 2.800 300.00 atomTether A 5 2HB A 5 H 3.500 300.00 atomTether A 5 2HG A 5 H 4.500 300.00 atomTether A 5 HA A 6 H 4.500 300.00 atomTether A 5 2HB A 6 1HG2 6.000 300.00 atomTether A 5 2HB A 6 2HG2 6.000 300.00 atomTether A 5 2HB A 6 3HG2 6.000 300.00 atomTether A 5 2HB A 6 H 3.500 300.00 atomTether A 5 2HG A 6 H 6.000 300.00 atomTether A 5 H A 6 1HG2 6.000 300.00 atomTether A 5 H A 6 2HG2 6.000 300.00 atomTether A 5 H A 6 3HG2 6.000 300.00 atomTether A 5 H A 6 H 3.500 300.00 atomTether A 5 HA A 7 H 6.000 300.00 atomTether A 5 2HB A 7 H 6.000 300.00 atomTether A 6 HA A 6 1HG2 3.500 300.00 atomTether A 6 HA A 6 2HG2 3.500 300.00 atomTether A 6 HA A 6 3HG2 3.500 300.00 atomTether A 6 HA A 6 H 4.500 300.00 atomTether A 6 HB A 6 1HG2 3.500 300.00 atomTether A 6 HB A 6 2HG2 3.500 300.00 atomTether A 6 HB A 6 3HG2 3.500 300.00 atomTether A 6 HB A 6 H 4.500 300.00 atomTether A 6 1HG2 A 6 H 4.500 300.00 atomTether A 6 2HG2 A 6 H 4.500 300.00 atomTether A 6 3HG2 A 6 H 4.500 300.00 atomTether A 6 HA A 7 H 4.500 300.00 atomTether A 6 HB A 7 H 4.500 300.00 atomTether A 6 1HG2 A 7 2HA 6.000 300.00 atomTether A 6 2HG2 A 7 2HA 6.000 300.00 atomTether A 6 3HG2 A 7 2HA 6.000 300.00 atomTether A 6 1HG2 A 7 H 6.000 300.00 atomTether A 6 2HG2 A 7 H 6.000 300.00 atomTether A 6 3HG2 A 7 H 6.000 300.00 atomTether A 6 H A 7 H 3.500 300.00 atomTether A 6 HB A 8 H 6.000 300.00 atomTether A 7 2HA A 7 H 3.500 300.00 atomTether A 7 2HA A 8 H 4.500 300.00 atomTether A 7 H A 8 H 3.500 300.00 atomTether A 8 HA A 8 HB 4.500 300.00 atomTether A 8 HA A 8 1HG2 4.500 300.00 atomTether A 8 HA A 8 2HG2 4.500 300.00 atomTether A 8 HA A 8 3HG2 4.500 300.00 atomTether A 8 HA A 8 H 3.500 300.00 atomTether A 8 HB A 8 1HG2 3.500 300.00 atomTether A 8 HB A 8 2HG2 3.500 300.00 atomTether A 8 HB A 8 3HG2 3.500 300.00 atomTether A 8 HB A 8 H 4.500 300.00 atomTether A 8 1HG2 A 8 H 4.500 300.00 atomTether A 8 2HG2 A 8 H 4.500 300.00 atomTether A 8 3HG2 A 8 H 4.500 300.00 atomTether A 8 HA A 9 HD1 6.000 300.00 atomTether A 8 HA A 9 HE3 6.000 300.00 atomTether A 8 HA A 9 H 3.500 300.00 atomTether A 8 HB A 9 H 3.500 300.00 atomTether A 8 1HG2 A 9 HD1 6.000 300.00 atomTether A 8 2HG2 A 9 HD1 6.000 300.00 atomTether A 8 3HG2 A 9 HD1 6.000 300.00 atomTether A 8 1HG2 A 9 H 4.500 300.00 atomTether A 8 2HG2 A 9 H 4.500 300.00 atomTether A 8 3HG2 A 9 H 4.500 300.00 atomTether A 8 H A 9 H 4.500 300.00 atomTether A 8 HB A 10 H 6.000 300.00 atomTether A 9 HA A 9 2HB 4.500 300.00 atomTether A 9 HA A 9 HD1 6.000 300.00 atomTether A 9 HA A 9 HE3 4.500 300.00 atomTether A 9 HA A 9 H 4.500 300.00 atomTether A 9 2HB A 9 HD1 4.500 300.00 atomTether A 9 2HB A 9 HE3 3.500 300.00 atomTether A 9 2HB A 9 H 4.500 300.00 atomTether A 9 2HB A 9 HZ3 6.000 300.00 atomTether A 9 HD1 A 9 H 4.500 300.00 atomTether A 9 HE3 A 9 H 4.500 300.00 atomTether A 9 HA A 10 H 3.500 300.00 atomTether A 9 2HB A 10 H 4.500 300.00 atomTether A 9 HE3 A 10 H 6.000 300.00 atomTether A 9 H A 10 H 4.500 300.00 atomTether A 10 2HA A 10 H 3.500 300.00