; lig.top created by rdparm2gmx.pl Sat Dec 2 11:41:41 PST 2006 #include "ffamber96.itp" [ atomtypes ] ;name bond_type mass charge ptype sigma epsilon cd cd 0.0000 0.0000 A 3.39967e-01 3.59824e-01 dcd cd 0.0000 0.0000 A 0.000 0.000 cc cc 0.0000 0.0000 A 3.39967e-01 3.59824e-01 dcc cc 0.0000 0.0000 A 0.000 0.000 ha ha 0.0000 0.0000 A 2.59964e-01 6.27600e-02 dha ha 0.0000 0.0000 A 0.000 0.000 hn hn 0.0000 0.0000 A 1.06908e-01 6.56888e-02 dhn hn 0.0000 0.0000 A 0.000 0.000 ca ca 0.0000 0.0000 A 3.39967e-01 3.59824e-01 dca ca 0.0000 0.0000 A 0.000 0.000 h4 h4 0.0000 0.0000 A 2.51055e-01 6.27600e-02 dh4 h4 0.0000 0.0000 A 0.000 0.000 na na 0.0000 0.0000 A 3.25000e-01 7.11280e-01 dna na 0.0000 0.0000 A 0.000 0.000 [ nonbond_params ] cd cd 1 0.339967 0.359824 dcd dcd 1 0.339967 0.359824 cd cc 1 0.339967 0.359824 dcd dcc 1 0.339967 0.359824 cd ha 1 0.2999655 0.150274928847 dcd dha 1 0.2999655 0.150274928847 cd hn 1 0.2234375 0.153741363241 dcd dhn 1 0.2234375 0.153741363241 cd ca 1 0.339967 0.359824 dcd dca 1 0.339967 0.359824 cd h4 1 0.295511 0.150274928847 dcd dh4 1 0.295511 0.150274928847 cd na 1 0.3324835 0.505900795334 dcd dna 1 0.3324835 0.505900795334 cc cc 1 0.339967 0.359824 dcc dcc 1 0.339967 0.359824 cc ha 1 0.2999655 0.150274928847 dcc dha 1 0.2999655 0.150274928847 cc hn 1 0.2234375 0.153741363241 dcc dhn 1 0.2234375 0.153741363241 cc ca 1 0.339967 0.359824 dcc dca 1 0.339967 0.359824 cc h4 1 0.295511 0.150274928847 dcc dh4 1 0.295511 0.150274928847 cc na 1 0.3324835 0.505900795334 dcc dna 1 0.3324835 0.505900795334 ha ha 1 0.259964 0.06276 dha dha 1 0.259964 0.06276 ha hn 1 0.183436 0.0642077027155 dha dhn 1 0.183436 0.0642077027155 ha ca 1 0.2999655 0.150274928847 dha dca 1 0.2999655 0.150274928847 ha h4 1 0.2555095 0.06276 dha dh4 1 0.2555095 0.06276 ha na 1 0.292482 0.211281643311 dha dna 1 0.292482 0.211281643311 hn hn 1 0.106908 0.0656888 dhn dhn 1 0.106908 0.0656888 hn ca 1 0.2234375 0.153741363241 dhn dca 1 0.2234375 0.153741363241 hn h4 1 0.1789815 0.0642077027155 dhn dh4 1 0.1789815 0.0642077027155 hn na 1 0.215954 0.216155336885 dhn dna 1 0.215954 0.216155336885 ca ca 1 0.339967 0.359824 dca dca 1 0.339967 0.359824 ca h4 1 0.295511 0.150274928847 dca dh4 1 0.295511 0.150274928847 ca na 1 0.3324835 0.505900795334 dca dna 1 0.3324835 0.505900795334 h4 h4 1 0.251055 0.06276 dh4 dh4 1 0.251055 0.06276 h4 na 1 0.2880275 0.211281643311 dh4 dna 1 0.2880275 0.211281643311 na na 1 0.325 0.71128 dna dna 1 0.325 0.71128 [ moleculetype ] ; Name nrexcl solute 3 [ atoms ] ; nr type resnr residue atom cgnr charge mass typeB chargeB 1 ca 1 TMP C1 1 0.000 12.000000 dca 0.00 12.000000 2 ca 1 TMP C2 2 0.000 12.000000 dca 0.00 12.000000 3 cc 1 TMP C3 3 0.000 12.000000 dcc 0.00 12.000000 4 ca 1 TMP C4 4 0.000 12.000000 dca 0.00 12.000000 5 na 1 TMP N5 5 0.000 14.000000 dna 0.00 14.000000 6 ca 1 TMP C6 6 0.000 12.000000 dca 0.00 12.000000 7 cd 1 TMP C7 7 0.000 12.000000 dcd 0.00 12.000000 8 ca 1 TMP C8 8 0.000 12.000000 dca 0.00 12.000000 9 ca 1 TMP C9 9 0.000 12.000000 dca 0.00 12.000000 10 ha 1 TMP H1 10 0.000 1.000000 dha 0.00 1.000000 11 ha 1 TMP H2 11 0.000 1.000000 dha 0.00 1.000000 12 hn 1 TMP H3 12 0.000 1.000000 dhn 0.00 1.000000 13 ha 1 TMP H4 13 0.000 1.000000 dha 0.00 1.000000 14 h4 1 TMP H5 14 0.000 1.000000 dh4 0.00 1.000000 15 ha 1 TMP H6 15 0.000 1.000000 dha 0.00 1.000000 16 ha 1 TMP H7 16 0.000 1.000000 dha 0.00 1.000000 [ bonds ] ; ai aj funct r k 3 10 1 1.0850e-01 2.9054e+05 1.0850e-01 2.9054e+05 4 11 1 1.0870e-01 2.8811e+05 1.0870e-01 2.8811e+05 5 12 1 1.0110e-01 3.4024e+05 1.0110e-01 3.4024e+05 6 13 1 1.0870e-01 2.8811e+05 1.0870e-01 2.8811e+05 7 14 1 1.0830e-01 2.9296e+05 1.0830e-01 2.9296e+05 8 15 1 1.0870e-01 2.8811e+05 1.0870e-01 2.8811e+05 9 16 1 1.0870e-01 2.8811e+05 1.0870e-01 2.8811e+05 1 2 1 1.3870e-01 4.0033e+05 1.3870e-01 4.0033e+05 1 3 1 1.4340e-01 3.4451e+05 1.4340e-01 3.4451e+05 1 4 1 1.3870e-01 4.0033e+05 1.3870e-01 4.0033e+05 2 5 1 1.3500e-01 3.9355e+05 1.3500e-01 3.9355e+05 2 6 1 1.3870e-01 4.0033e+05 1.3870e-01 4.0033e+05 3 7 1 1.3710e-01 4.2175e+05 1.3710e-01 4.2175e+05 4 8 1 1.3870e-01 4.0033e+05 1.3870e-01 4.0033e+05 5 7 1 1.3710e-01 3.6719e+05 1.3710e-01 3.6719e+05 6 9 1 1.3870e-01 4.0033e+05 1.3870e-01 4.0033e+05 8 9 1 1.3870e-01 4.0033e+05 1.3870e-01 4.0033e+05 [ pairs ] 1 12 1 0.2234375 0.0768706816205 1 13 1 0.2999655 0.0751374644235 1 14 1 0.295511 0.0751374644235 1 15 1 0.2999655 0.0751374644235 2 10 1 0.2999655 0.0751374644235 2 11 1 0.2999655 0.0751374644235 2 14 1 0.295511 0.0751374644235 2 16 1 0.2999655 0.0751374644235 3 11 1 0.2999655 0.0751374644235 3 12 1 0.2234375 0.0768706816205 4 10 1 0.2999655 0.0751374644235 4 16 1 0.2999655 0.0751374644235 5 13 1 0.292482 0.105640821655 5 10 1 0.292482 0.105640821655 6 12 1 0.2234375 0.0768706816205 6 15 1 0.2999655 0.0751374644235 8 13 1 0.2999655 0.0751374644235 9 11 1 0.2999655 0.0751374644235 10 14 1 0.2555095 0.03138 11 15 1 0.259964 0.03138 12 14 1 0.1789815 0.0321038513577 13 16 1 0.259964 0.03138 15 16 1 0.259964 0.03138 1 9 1 0.339967 0.179912 2 8 1 0.339967 0.179912 3 6 1 0.339967 0.179912 3 8 1 0.339967 0.179912 4 5 1 0.3324835 0.252950397667 4 6 1 0.339967 0.179912 4 7 1 0.339967 0.179912 5 9 1 0.3324835 0.252950397667 6 7 1 0.339967 0.179912 [ angles ] ; ai aj ak funct theta cth 1 3 10 1 1.2404e+02 3.8828e+02 1.2404e+02 3.8828e+02 1 4 11 1 1.2001e+02 4.0585e+02 1.2001e+02 4.0585e+02 2 5 12 1 1.2277e+02 4.0334e+02 1.2277e+02 4.0334e+02 2 6 13 1 1.2001e+02 4.0585e+02 1.2001e+02 4.0585e+02 3 7 14 1 1.2911e+02 3.9497e+02 1.2911e+02 3.9497e+02 4 8 15 1 1.2001e+02 4.0585e+02 1.2001e+02 4.0585e+02 5 7 14 1 1.1966e+02 4.2007e+02 1.1966e+02 4.2007e+02 6 9 16 1 1.2001e+02 4.0585e+02 1.2001e+02 4.0585e+02 7 3 10 1 1.2289e+02 4.0501e+02 1.2289e+02 4.0501e+02 7 5 12 1 1.2466e+02 3.9497e+02 1.2466e+02 3.9497e+02 8 4 11 1 1.2001e+02 4.0585e+02 1.2001e+02 4.0585e+02 8 9 16 1 1.2001e+02 4.0585e+02 1.2001e+02 4.0585e+02 9 6 13 1 1.2001e+02 4.0585e+02 1.2001e+02 4.0585e+02 9 8 15 1 1.2001e+02 4.0585e+02 1.2001e+02 4.0585e+02 1 2 5 1 1.1834e+02 5.8743e+02 1.1834e+02 5.8743e+02 1 2 6 1 1.1997e+02 5.6233e+02 1.1997e+02 5.6233e+02 1 3 7 1 1.1351e+02 5.7070e+02 1.1351e+02 5.7070e+02 1 4 8 1 1.1997e+02 5.6233e+02 1.1997e+02 5.6233e+02 2 1 3 1 1.2010e+02 5.5229e+02 1.2010e+02 5.5229e+02 2 1 4 1 1.1997e+02 5.6233e+02 1.1997e+02 5.6233e+02 2 5 7 1 1.1315e+02 5.7321e+02 1.1315e+02 5.7321e+02 2 6 9 1 1.1997e+02 5.6233e+02 1.1997e+02 5.6233e+02 3 1 4 1 1.2010e+02 5.5229e+02 1.2010e+02 5.5229e+02 3 7 5 1 1.0942e+02 6.1003e+02 1.0942e+02 6.1003e+02 4 8 9 1 1.1997e+02 5.6233e+02 1.1997e+02 5.6233e+02 5 2 6 1 1.1834e+02 5.8743e+02 1.1834e+02 5.8743e+02 6 9 8 1 1.1997e+02 5.6233e+02 1.1997e+02 5.6233e+02 [ dihedrals ] ;i j k l func C0 ... C5 1 2 5 12 3 2.51040 0.00000 -2.51040 0.00000 0.00000 0.00000 2.51040 0.00000 -2.51040 0.00000 0.00000 0.00000 1 2 6 13 3 30.33400 0.00000 -30.33400 0.00000 0.00000 0.00000 30.33400 0.00000 -30.33400 0.00000 0.00000 0.00000 1 3 7 14 3 33.47200 0.00000 -33.47200 0.00000 0.00000 0.00000 33.47200 0.00000 -33.47200 0.00000 0.00000 0.00000 1 4 8 15 3 30.33400 0.00000 -30.33400 0.00000 0.00000 0.00000 30.33400 0.00000 -30.33400 0.00000 0.00000 0.00000 2 1 3 10 3 21.33840 0.00000 -21.33840 0.00000 0.00000 0.00000 21.33840 0.00000 -21.33840 0.00000 0.00000 0.00000 2 1 4 11 3 30.33400 0.00000 -30.33400 0.00000 0.00000 0.00000 30.33400 0.00000 -30.33400 0.00000 0.00000 0.00000 2 5 7 14 3 14.22560 0.00000 -14.22560 0.00000 0.00000 0.00000 14.22560 0.00000 -14.22560 0.00000 0.00000 0.00000 2 6 9 16 3 30.33400 0.00000 -30.33400 0.00000 0.00000 0.00000 30.33400 0.00000 -30.33400 0.00000 0.00000 0.00000 3 1 4 11 3 30.33400 0.00000 -30.33400 0.00000 0.00000 0.00000 30.33400 0.00000 -30.33400 0.00000 0.00000 0.00000 3 7 5 12 3 14.22560 0.00000 -14.22560 0.00000 0.00000 0.00000 14.22560 0.00000 -14.22560 0.00000 0.00000 0.00000 4 1 3 10 3 21.33840 0.00000 -21.33840 0.00000 0.00000 0.00000 21.33840 0.00000 -21.33840 0.00000 0.00000 0.00000 4 8 9 16 3 30.33400 0.00000 -30.33400 0.00000 0.00000 0.00000 30.33400 0.00000 -30.33400 0.00000 0.00000 0.00000 5 2 6 13 3 30.33400 0.00000 -30.33400 0.00000 0.00000 0.00000 30.33400 0.00000 -30.33400 0.00000 0.00000 0.00000 5 7 3 10 3 33.47200 0.00000 -33.47200 0.00000 0.00000 0.00000 33.47200 0.00000 -33.47200 0.00000 0.00000 0.00000 6 2 5 12 3 2.51040 0.00000 -2.51040 0.00000 0.00000 0.00000 2.51040 0.00000 -2.51040 0.00000 0.00000 0.00000 6 9 8 15 3 30.33400 0.00000 -30.33400 0.00000 0.00000 0.00000 30.33400 0.00000 -30.33400 0.00000 0.00000 0.00000 8 9 6 13 3 30.33400 0.00000 -30.33400 0.00000 0.00000 0.00000 30.33400 0.00000 -30.33400 0.00000 0.00000 0.00000 9 8 4 11 3 30.33400 0.00000 -30.33400 0.00000 0.00000 0.00000 30.33400 0.00000 -30.33400 0.00000 0.00000 0.00000 10 3 7 14 3 33.47200 0.00000 -33.47200 0.00000 0.00000 0.00000 33.47200 0.00000 -33.47200 0.00000 0.00000 0.00000 11 4 8 15 3 30.33400 0.00000 -30.33400 0.00000 0.00000 0.00000 30.33400 0.00000 -30.33400 0.00000 0.00000 0.00000 12 5 7 14 3 14.22560 0.00000 -14.22560 0.00000 0.00000 0.00000 14.22560 0.00000 -14.22560 0.00000 0.00000 0.00000 13 6 9 16 3 30.33400 0.00000 -30.33400 0.00000 0.00000 0.00000 30.33400 0.00000 -30.33400 0.00000 0.00000 0.00000 15 8 9 16 3 30.33400 0.00000 -30.33400 0.00000 0.00000 0.00000 30.33400 0.00000 -30.33400 0.00000 0.00000 0.00000 1 7 3 10 3 9.20480 0.00000 -9.20480 0.00000 0.00000 0.00000 9.20480 0.00000 -9.20480 0.00000 0.00000 0.00000 1 8 4 11 3 9.20480 0.00000 -9.20480 0.00000 0.00000 0.00000 9.20480 0.00000 -9.20480 0.00000 0.00000 0.00000 2 7 5 12 3 9.20480 0.00000 -9.20480 0.00000 0.00000 0.00000 9.20480 0.00000 -9.20480 0.00000 0.00000 0.00000 2 9 6 13 3 9.20480 0.00000 -9.20480 0.00000 0.00000 0.00000 9.20480 0.00000 -9.20480 0.00000 0.00000 0.00000 3 14 7 5 3 9.20480 0.00000 -9.20480 0.00000 0.00000 0.00000 9.20480 0.00000 -9.20480 0.00000 0.00000 0.00000 4 9 8 15 3 9.20480 0.00000 -9.20480 0.00000 0.00000 0.00000 9.20480 0.00000 -9.20480 0.00000 0.00000 0.00000 6 8 9 16 3 9.20480 0.00000 -9.20480 0.00000 0.00000 0.00000 9.20480 0.00000 -9.20480 0.00000 0.00000 0.00000 1 2 5 7 3 2.51040 0.00000 -2.51040 0.00000 0.00000 0.00000 2.51040 0.00000 -2.51040 0.00000 0.00000 0.00000 1 2 6 9 3 30.33400 0.00000 -30.33400 0.00000 0.00000 0.00000 30.33400 0.00000 -30.33400 0.00000 0.00000 0.00000 1 3 7 5 3 33.47200 0.00000 -33.47200 0.00000 0.00000 0.00000 33.47200 0.00000 -33.47200 0.00000 0.00000 0.00000 1 4 8 9 3 30.33400 0.00000 -30.33400 0.00000 0.00000 0.00000 30.33400 0.00000 -30.33400 0.00000 0.00000 0.00000 2 1 3 7 3 21.33840 0.00000 -21.33840 0.00000 0.00000 0.00000 21.33840 0.00000 -21.33840 0.00000 0.00000 0.00000 2 1 4 8 3 30.33400 0.00000 -30.33400 0.00000 0.00000 0.00000 30.33400 0.00000 -30.33400 0.00000 0.00000 0.00000 2 5 7 3 3 14.22560 0.00000 -14.22560 0.00000 0.00000 0.00000 14.22560 0.00000 -14.22560 0.00000 0.00000 0.00000 2 6 9 8 3 30.33400 0.00000 -30.33400 0.00000 0.00000 0.00000 30.33400 0.00000 -30.33400 0.00000 0.00000 0.00000 3 1 2 5 3 30.33400 0.00000 -30.33400 0.00000 0.00000 0.00000 30.33400 0.00000 -30.33400 0.00000 0.00000 0.00000 3 1 2 6 3 30.33400 0.00000 -30.33400 0.00000 0.00000 0.00000 30.33400 0.00000 -30.33400 0.00000 0.00000 0.00000 3 1 4 8 3 30.33400 0.00000 -30.33400 0.00000 0.00000 0.00000 30.33400 0.00000 -30.33400 0.00000 0.00000 0.00000 4 1 2 5 3 30.33400 0.00000 -30.33400 0.00000 0.00000 0.00000 30.33400 0.00000 -30.33400 0.00000 0.00000 0.00000 4 1 2 6 3 30.33400 0.00000 -30.33400 0.00000 0.00000 0.00000 30.33400 0.00000 -30.33400 0.00000 0.00000 0.00000 4 1 3 7 3 21.33840 0.00000 -21.33840 0.00000 0.00000 0.00000 21.33840 0.00000 -21.33840 0.00000 0.00000 0.00000 4 8 9 6 3 30.33400 0.00000 -30.33400 0.00000 0.00000 0.00000 30.33400 0.00000 -30.33400 0.00000 0.00000 0.00000 5 2 6 9 3 30.33400 0.00000 -30.33400 0.00000 0.00000 0.00000 30.33400 0.00000 -30.33400 0.00000 0.00000 0.00000 6 2 5 7 3 2.51040 0.00000 -2.51040 0.00000 0.00000 0.00000 2.51040 0.00000 -2.51040 0.00000 0.00000 0.00000 3 1 4 2 3 9.20480 0.00000 -9.20480 0.00000 0.00000 0.00000 9.20480 0.00000 -9.20480 0.00000 0.00000 0.00000 1 6 2 5 3 9.20480 0.00000 -9.20480 0.00000 0.00000 0.00000 9.20480 0.00000 -9.20480 0.00000 0.00000 0.00000 ; Include water topology #include "ffamber_tip3p.itp" [ system ] 16 system in water [ molecules ] ; Compound nmols solute 1 SOL 660