; lig.top created by rdparm2gmx.pl Sat Dec 2 11:56:56 PST 2006 #include "ffamber96.itp" [ atomtypes ] ;name bond_type mass charge ptype sigma epsilon c3 c3 0.0000 0.0000 A 3.39967e-01 4.57730e-01 dc3 c3 0.0000 0.0000 A 0.000 0.000 h1 h1 0.0000 0.0000 A 2.47135e-01 6.56888e-02 dh1 h1 0.0000 0.0000 A 0.000 0.000 ha ha 0.0000 0.0000 A 2.59964e-01 6.27600e-02 dha ha 0.0000 0.0000 A 0.000 0.000 hn hn 0.0000 0.0000 A 1.06908e-01 6.56888e-02 dhn hn 0.0000 0.0000 A 0.000 0.000 ca ca 0.0000 0.0000 A 3.39967e-01 3.59824e-01 dca ca 0.0000 0.0000 A 0.000 0.000 nh nh 0.0000 0.0000 A 3.25000e-01 7.11280e-01 dnh nh 0.0000 0.0000 A 0.000 0.000 [ nonbond_params ] c3 c3 1 0.339967 0.45773 dc3 dc3 1 0.339967 0.45773 c3 h1 1 0.293551 0.173400502952 dc3 dh1 1 0.293551 0.173400502952 c3 ha 1 0.2999655 0.16949081037 dc3 dha 1 0.2999655 0.16949081037 c3 hn 1 0.2234375 0.173400502952 dc3 dhn 1 0.2234375 0.173400502952 c3 ca 1 0.339967 0.405835236913 dc3 dca 1 0.339967 0.405835236913 c3 nh 1 0.3324835 0.570591092114 dc3 dnh 1 0.3324835 0.570591092114 h1 h1 1 0.247135 0.0656888 dh1 dh1 1 0.247135 0.0656888 h1 ha 1 0.2535495 0.0642077027155 dh1 dha 1 0.2535495 0.0642077027155 h1 hn 1 0.1770215 0.0656888 dh1 dhn 1 0.1770215 0.0656888 h1 ca 1 0.293551 0.153741363241 dh1 dca 1 0.293551 0.153741363241 h1 nh 1 0.2860675 0.216155336885 dh1 dnh 1 0.2860675 0.216155336885 ha ha 1 0.259964 0.06276 dha dha 1 0.259964 0.06276 ha hn 1 0.183436 0.0642077027155 dha dhn 1 0.183436 0.0642077027155 ha ca 1 0.2999655 0.150274928847 dha dca 1 0.2999655 0.150274928847 ha nh 1 0.292482 0.211281643311 dha dnh 1 0.292482 0.211281643311 hn hn 1 0.106908 0.0656888 dhn dhn 1 0.106908 0.0656888 hn ca 1 0.2234375 0.153741363241 dhn dca 1 0.2234375 0.153741363241 hn nh 1 0.215954 0.216155336885 dhn dnh 1 0.215954 0.216155336885 ca ca 1 0.339967 0.359824 dca dca 1 0.339967 0.359824 ca nh 1 0.3324835 0.505900795334 dca dnh 1 0.3324835 0.505900795334 nh nh 1 0.325 0.71128 dnh dnh 1 0.325 0.71128 [ moleculetype ] ; Name nrexcl solute 3 [ atoms ] ; nr type resnr residue atom cgnr charge mass typeB chargeB 1 ca 1 TMP C1 1 0.000 12.000000 dca 0.00 12.000000 2 ca 1 TMP C2 2 0.000 12.000000 dca 0.00 12.000000 3 ca 1 TMP C3 3 0.000 12.000000 dca 0.00 12.000000 4 nh 1 TMP N4 4 0.000 14.000000 dnh 0.00 14.000000 5 ca 1 TMP C5 5 0.000 12.000000 dca 0.00 12.000000 6 ca 1 TMP C6 6 0.000 12.000000 dca 0.00 12.000000 7 ca 1 TMP C7 7 0.000 12.000000 dca 0.00 12.000000 8 ha 1 TMP H1 8 0.000 1.000000 dha 0.00 1.000000 9 ha 1 TMP H2 9 0.000 1.000000 dha 0.00 1.000000 10 ha 1 TMP H3 10 0.000 1.000000 dha 0.00 1.000000 11 ha 1 TMP H4 11 0.000 1.000000 dha 0.00 1.000000 12 ha 1 TMP H5 12 0.000 1.000000 dha 0.00 1.000000 13 c3 1 TMP C8 13 0.000 12.000000 dc3 0.00 12.000000 14 hn 1 TMP H6 14 0.000 1.000000 dhn 0.00 1.000000 15 h1 1 TMP H7 15 0.000 1.000000 dh1 0.00 1.000000 16 h1 1 TMP H8 16 0.000 1.000000 dh1 0.00 1.000000 17 h1 1 TMP H9 17 0.000 1.000000 dh1 0.00 1.000000 [ bonds ] ; ai aj funct r k 2 8 1 1.0870e-01 2.8811e+05 1.0870e-01 2.8811e+05 3 9 1 1.0870e-01 2.8811e+05 1.0870e-01 2.8811e+05 4 14 1 1.0140e-01 3.3572e+05 1.0140e-01 3.3572e+05 5 10 1 1.0870e-01 2.8811e+05 1.0870e-01 2.8811e+05 6 11 1 1.0870e-01 2.8811e+05 1.0870e-01 2.8811e+05 7 12 1 1.0870e-01 2.8811e+05 1.0870e-01 2.8811e+05 13 15 1 1.0930e-01 2.8108e+05 1.0930e-01 2.8108e+05 13 16 1 1.0930e-01 2.8108e+05 1.0930e-01 2.8108e+05 13 17 1 1.0930e-01 2.8108e+05 1.0930e-01 2.8108e+05 1 2 1 1.3870e-01 4.0033e+05 1.3870e-01 4.0033e+05 1 3 1 1.3870e-01 4.0033e+05 1.3870e-01 4.0033e+05 1 4 1 1.3640e-01 3.7572e+05 1.3640e-01 3.7572e+05 2 5 1 1.3870e-01 4.0033e+05 1.3870e-01 4.0033e+05 3 6 1 1.3870e-01 4.0033e+05 1.3870e-01 4.0033e+05 4 13 1 1.4580e-01 2.7840e+05 1.4580e-01 2.7840e+05 5 7 1 1.3870e-01 4.0033e+05 1.3870e-01 4.0033e+05 6 7 1 1.3870e-01 4.0033e+05 1.3870e-01 4.0033e+05 [ pairs ] 1 10 1 0.2999655 0.0751374644235 1 11 1 0.2999655 0.0751374644235 1 15 1 0.293551 0.0768706816205 1 16 1 0.293551 0.0768706816205 1 17 1 0.293551 0.0768706816205 2 9 1 0.2999655 0.0751374644235 2 14 1 0.2234375 0.0768706816205 2 12 1 0.2999655 0.0751374644235 3 8 1 0.2999655 0.0751374644235 3 14 1 0.2234375 0.0768706816205 3 12 1 0.2999655 0.0751374644235 4 8 1 0.292482 0.105640821655 4 9 1 0.292482 0.105640821655 5 11 1 0.2999655 0.0751374644235 6 10 1 0.2999655 0.0751374644235 7 8 1 0.2999655 0.0751374644235 7 9 1 0.2999655 0.0751374644235 8 10 1 0.259964 0.03138 9 11 1 0.259964 0.03138 10 12 1 0.259964 0.03138 11 12 1 0.259964 0.03138 14 15 1 0.1770215 0.0328444 14 16 1 0.1770215 0.0328444 14 17 1 0.1770215 0.0328444 1 7 1 0.339967 0.179912 2 6 1 0.339967 0.179912 2 13 1 0.339967 0.202917618456 3 5 1 0.339967 0.179912 3 13 1 0.339967 0.202917618456 4 5 1 0.3324835 0.252950397667 4 6 1 0.3324835 0.252950397667 [ angles ] ; ai aj ak funct theta cth 1 2 8 1 1.2001e+02 4.0585e+02 1.2001e+02 4.0585e+02 1 3 9 1 1.2001e+02 4.0585e+02 1.2001e+02 4.0585e+02 1 4 14 1 1.1379e+02 4.1505e+02 1.1379e+02 4.1505e+02 2 5 10 1 1.2001e+02 4.0585e+02 1.2001e+02 4.0585e+02 3 6 11 1 1.2001e+02 4.0585e+02 1.2001e+02 4.0585e+02 4 13 15 1 1.0996e+02 4.1589e+02 1.0996e+02 4.1589e+02 4 13 16 1 1.0996e+02 4.1589e+02 1.0996e+02 4.1589e+02 4 13 17 1 1.0996e+02 4.1589e+02 1.0996e+02 4.1589e+02 5 2 8 1 1.2001e+02 4.0585e+02 1.2001e+02 4.0585e+02 5 7 12 1 1.2001e+02 4.0585e+02 1.2001e+02 4.0585e+02 6 3 9 1 1.2001e+02 4.0585e+02 1.2001e+02 4.0585e+02 6 7 12 1 1.2001e+02 4.0585e+02 1.2001e+02 4.0585e+02 7 5 10 1 1.2001e+02 4.0585e+02 1.2001e+02 4.0585e+02 7 6 11 1 1.2001e+02 4.0585e+02 1.2001e+02 4.0585e+02 13 4 14 1 1.1495e+02 3.8911e+02 1.1495e+02 3.8911e+02 15 13 16 1 1.0955e+02 3.2803e+02 1.0955e+02 3.2803e+02 15 13 17 1 1.0955e+02 3.2803e+02 1.0955e+02 3.2803e+02 16 13 17 1 1.0955e+02 3.2803e+02 1.0955e+02 3.2803e+02 1 2 5 1 1.1997e+02 5.6233e+02 1.1997e+02 5.6233e+02 1 3 6 1 1.1997e+02 5.6233e+02 1.1997e+02 5.6233e+02 1 4 13 1 1.1777e+02 5.4057e+02 1.1777e+02 5.4057e+02 2 1 3 1 1.1997e+02 5.6233e+02 1.1997e+02 5.6233e+02 2 1 4 1 1.2013e+02 5.7990e+02 1.2013e+02 5.7990e+02 2 5 7 1 1.1997e+02 5.6233e+02 1.1997e+02 5.6233e+02 3 1 4 1 1.2013e+02 5.7990e+02 1.2013e+02 5.7990e+02 3 6 7 1 1.1997e+02 5.6233e+02 1.1997e+02 5.6233e+02 5 7 6 1 1.1997e+02 5.6233e+02 1.1997e+02 5.6233e+02 [ dihedrals ] ;i j k l func C0 ... C5 1 2 5 10 3 30.33400 0.00000 -30.33400 0.00000 0.00000 0.00000 30.33400 0.00000 -30.33400 0.00000 0.00000 0.00000 1 3 6 11 3 30.33400 0.00000 -30.33400 0.00000 0.00000 0.00000 30.33400 0.00000 -30.33400 0.00000 0.00000 0.00000 1 4 13 15 3 0.00000 0.00000 0.00000 0.00000 0.00000 0.00000 0.00000 0.00000 0.00000 0.00000 0.00000 0.00000 1 4 13 16 3 0.00000 0.00000 0.00000 0.00000 0.00000 0.00000 0.00000 0.00000 0.00000 0.00000 0.00000 0.00000 1 4 13 17 3 0.00000 0.00000 0.00000 0.00000 0.00000 0.00000 0.00000 0.00000 0.00000 0.00000 0.00000 0.00000 2 1 3 9 3 30.33400 0.00000 -30.33400 0.00000 0.00000 0.00000 30.33400 0.00000 -30.33400 0.00000 0.00000 0.00000 2 1 4 14 3 8.78640 0.00000 -8.78640 0.00000 0.00000 0.00000 8.78640 0.00000 -8.78640 0.00000 0.00000 0.00000 2 5 7 12 3 30.33400 0.00000 -30.33400 0.00000 0.00000 0.00000 30.33400 0.00000 -30.33400 0.00000 0.00000 0.00000 3 1 2 8 3 30.33400 0.00000 -30.33400 0.00000 0.00000 0.00000 30.33400 0.00000 -30.33400 0.00000 0.00000 0.00000 3 1 4 14 3 8.78640 0.00000 -8.78640 0.00000 0.00000 0.00000 8.78640 0.00000 -8.78640 0.00000 0.00000 0.00000 3 6 7 12 3 30.33400 0.00000 -30.33400 0.00000 0.00000 0.00000 30.33400 0.00000 -30.33400 0.00000 0.00000 0.00000 4 1 2 8 3 30.33400 0.00000 -30.33400 0.00000 0.00000 0.00000 30.33400 0.00000 -30.33400 0.00000 0.00000 0.00000 4 1 3 9 3 30.33400 0.00000 -30.33400 0.00000 0.00000 0.00000 30.33400 0.00000 -30.33400 0.00000 0.00000 0.00000 5 7 6 11 3 30.33400 0.00000 -30.33400 0.00000 0.00000 0.00000 30.33400 0.00000 -30.33400 0.00000 0.00000 0.00000 6 7 5 10 3 30.33400 0.00000 -30.33400 0.00000 0.00000 0.00000 30.33400 0.00000 -30.33400 0.00000 0.00000 0.00000 7 5 2 8 3 30.33400 0.00000 -30.33400 0.00000 0.00000 0.00000 30.33400 0.00000 -30.33400 0.00000 0.00000 0.00000 7 6 3 9 3 30.33400 0.00000 -30.33400 0.00000 0.00000 0.00000 30.33400 0.00000 -30.33400 0.00000 0.00000 0.00000 8 2 5 10 3 30.33400 0.00000 -30.33400 0.00000 0.00000 0.00000 30.33400 0.00000 -30.33400 0.00000 0.00000 0.00000 9 3 6 11 3 30.33400 0.00000 -30.33400 0.00000 0.00000 0.00000 30.33400 0.00000 -30.33400 0.00000 0.00000 0.00000 10 5 7 12 3 30.33400 0.00000 -30.33400 0.00000 0.00000 0.00000 30.33400 0.00000 -30.33400 0.00000 0.00000 0.00000 11 6 7 12 3 30.33400 0.00000 -30.33400 0.00000 0.00000 0.00000 30.33400 0.00000 -30.33400 0.00000 0.00000 0.00000 14 4 13 15 3 0.00000 0.00000 0.00000 0.00000 0.00000 0.00000 0.00000 0.00000 0.00000 0.00000 0.00000 0.00000 14 4 13 16 3 0.00000 0.00000 0.00000 0.00000 0.00000 0.00000 0.00000 0.00000 0.00000 0.00000 0.00000 0.00000 14 4 13 17 3 0.00000 0.00000 0.00000 0.00000 0.00000 0.00000 0.00000 0.00000 0.00000 0.00000 0.00000 0.00000 1 5 2 8 3 9.20480 0.00000 -9.20480 0.00000 0.00000 0.00000 9.20480 0.00000 -9.20480 0.00000 0.00000 0.00000 1 6 3 9 3 9.20480 0.00000 -9.20480 0.00000 0.00000 0.00000 9.20480 0.00000 -9.20480 0.00000 0.00000 0.00000 13 1 4 14 3 9.20480 0.00000 -9.20480 0.00000 0.00000 0.00000 9.20480 0.00000 -9.20480 0.00000 0.00000 0.00000 2 7 5 10 3 9.20480 0.00000 -9.20480 0.00000 0.00000 0.00000 9.20480 0.00000 -9.20480 0.00000 0.00000 0.00000 3 7 6 11 3 9.20480 0.00000 -9.20480 0.00000 0.00000 0.00000 9.20480 0.00000 -9.20480 0.00000 0.00000 0.00000 5 6 7 12 3 9.20480 0.00000 -9.20480 0.00000 0.00000 0.00000 9.20480 0.00000 -9.20480 0.00000 0.00000 0.00000 1 2 5 7 3 30.33400 0.00000 -30.33400 0.00000 0.00000 0.00000 30.33400 0.00000 -30.33400 0.00000 0.00000 0.00000 1 3 6 7 3 30.33400 0.00000 -30.33400 0.00000 0.00000 0.00000 30.33400 0.00000 -30.33400 0.00000 0.00000 0.00000 2 1 3 6 3 30.33400 0.00000 -30.33400 0.00000 0.00000 0.00000 30.33400 0.00000 -30.33400 0.00000 0.00000 0.00000 2 1 4 13 3 8.78640 0.00000 -8.78640 0.00000 0.00000 0.00000 8.78640 0.00000 -8.78640 0.00000 0.00000 0.00000 2 5 7 6 3 30.33400 0.00000 -30.33400 0.00000 0.00000 0.00000 30.33400 0.00000 -30.33400 0.00000 0.00000 0.00000 3 1 2 5 3 30.33400 0.00000 -30.33400 0.00000 0.00000 0.00000 30.33400 0.00000 -30.33400 0.00000 0.00000 0.00000 3 1 4 13 3 8.78640 0.00000 -8.78640 0.00000 0.00000 0.00000 8.78640 0.00000 -8.78640 0.00000 0.00000 0.00000 3 6 7 5 3 30.33400 0.00000 -30.33400 0.00000 0.00000 0.00000 30.33400 0.00000 -30.33400 0.00000 0.00000 0.00000 4 1 2 5 3 30.33400 0.00000 -30.33400 0.00000 0.00000 0.00000 30.33400 0.00000 -30.33400 0.00000 0.00000 0.00000 4 1 3 6 3 30.33400 0.00000 -30.33400 0.00000 0.00000 0.00000 30.33400 0.00000 -30.33400 0.00000 0.00000 0.00000 4 1 3 2 3 9.20480 0.00000 -9.20480 0.00000 0.00000 0.00000 9.20480 0.00000 -9.20480 0.00000 0.00000 0.00000 ; Include water topology #include "ffamber_tip3p.itp" [ system ] 17 system in water [ molecules ] ; Compound nmols solute 1 SOL 692