; OUT_GMX.top created by acpypi on Mon Oct 26 22:21:30 2009 [ defaults ] ; nbfunc comb-rule gen-pairs fudgeLJ fudgeQQ 1 2 yes 0.5 0.8333 [ atomtypes ] ;name bond_type mass charge ptype sigma epsilon Amb cc cc 0.00000 0.00000 A 3.39967e-01 3.59824e-01 ; 1.91 0.0860 cd cd 0.00000 0.00000 A 3.39967e-01 3.59824e-01 ; 1.91 0.0860 c2 c2 0.00000 0.00000 A 3.39967e-01 3.59824e-01 ; 1.91 0.0860 nh nh 0.00000 0.00000 A 3.25000e-01 7.11280e-01 ; 1.82 0.1700 ha ha 0.00000 0.00000 A 2.59964e-01 6.27600e-02 ; 1.46 0.0150 hn hn 0.00000 0.00000 A 1.06908e-01 6.56888e-02 ; 0.60 0.0157 [ moleculetype ] ;name nrexcl OUT 3 [ atoms ] ; nr type resi res atom cgnr charge mass ; qtot bond_type 1 cc 1 MOL C1 1 -0.01330 12.01000 ; qtot -0.013 2 cc 1 MOL C2 2 -0.01350 12.01000 ; qtot -0.027 3 cd 1 MOL C3 3 -0.22490 12.01000 ; qtot -0.252 4 cd 1 MOL C4 4 -0.22450 12.01000 ; qtot -0.476 5 cc 1 MOL C5 5 -0.26950 12.01000 ; qtot -0.746 6 cd 1 MOL C6 6 0.25280 12.01000 ; qtot -0.493 7 c2 1 MOL C7 7 0.52420 12.01000 ; 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H1 - C2 11 6 1 ; H1 - C6 11 7 1 ; H1 - C7 11 13 1 ; H1 - H3 12 14 1 ; H2 - H4 [ angles ] ; ai aj ak funct theta cth 1 3 6 1 1.1419e+02 5.7070e+02 ; C1 - C3 - C6 1 3 13 1 1.2289e+02 4.0501e+02 ; C1 - C3 - H3 1 5 2 1 1.1070e+02 5.6819e+02 ; C1 - C5 - C2 1 5 7 1 1.2541e+02 5.4643e+02 ; C1 - C5 - C7 2 4 6 1 1.1419e+02 5.7070e+02 ; C2 - C4 - C6 2 4 14 1 1.2289e+02 4.0501e+02 ; C2 - C4 - H4 2 5 7 1 1.2541e+02 5.4643e+02 ; C2 - C5 - C7 3 1 5 1 1.1419e+02 5.7070e+02 ; C3 - C1 - C5 3 1 11 1 1.2289e+02 4.0501e+02 ; C3 - C1 - H1 3 6 4 1 1.1070e+02 5.6819e+02 ; C3 - C6 - C4 3 6 8 1 1.1898e+02 5.7404e+02 ; C3 - C6 - N1 4 2 5 1 1.1419e+02 5.7070e+02 ; C4 - C2 - C5 4 2 12 1 1.2289e+02 4.0501e+02 ; C4 - C2 - H2 4 6 8 1 1.1898e+02 5.7404e+02 ; C4 - C6 - N1 5 1 11 1 1.2374e+02 3.8995e+02 ; C5 - C1 - H1 5 2 12 1 1.2374e+02 3.8995e+02 ; C5 - C2 - H2 5 7 9 1 1.2499e+02 5.8409e+02 ; C5 - C7 - N2 5 7 10 1 1.2499e+02 5.8409e+02 ; C5 - C7 - N3 6 3 13 1 1.2374e+02 3.8995e+02 ; C6 - C3 - H3 6 4 14 1 1.2374e+02 3.8995e+02 ; C6 - C4 - H4 6 8 15 1 1.1716e+02 4.0920e+02 ; C6 - N1 - H5 6 8 16 1 1.1716e+02 4.0920e+02 ; C6 - N1 - H6 7 9 17 1 1.1794e+02 4.1003e+02 ; C7 - N2 - H7 7 9 18 1 1.1794e+02 4.1003e+02 ; C7 - N2 - H8 7 10 19 1 1.1794e+02 4.1003e+02 ; C7 - N3 - H9 7 10 20 1 1.1794e+02 4.1003e+02 ; C7 - N3 - H10 9 7 10 1 1.1750e+02 6.1003e+02 ; N2 - C7 - N3 15 8 16 1 1.1443e+02 3.3556e+02 ; H5 - N1 - H6 17 9 18 1 1.1443e+02 3.3556e+02 ; H7 - N2 - H8 19 10 20 1 1.1443e+02 3.3556e+02 ; H9 - N3 - H10 [ dihedrals ] ; propers ; treated as RBs in GROMACS to use combine multiple AMBER torsions per quartet ; i j k l func C0 C1 C2 C3 C4 C5 1 3 6 4 3 33.47200 0.00000 -33.47200 0.00000 0.00000 0.00000 ; C1- C3- C6- C4 1 3 6 8 3 33.47200 0.00000 -33.47200 0.00000 0.00000 0.00000 ; C1- C3- C6- N1 1 5 2 4 3 33.47200 0.00000 -33.47200 0.00000 0.00000 0.00000 ; C1- C5- C2- C4 1 5 2 12 3 33.47200 0.00000 -33.47200 0.00000 0.00000 0.00000 ; C1- C5- C2- H2 1 5 7 9 3 55.64720 0.00000 -55.64720 0.00000 0.00000 0.00000 ; C1- C5- C7- N2 1 5 7 10 3 55.64720 0.00000 -55.64720 0.00000 0.00000 0.00000 ; 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C6- H5- N1- H6 7 1 5 2 1 180.00 4.60240 2 ; C7- C1- C5- C2 7 17 9 18 1 180.00 4.60240 2 ; C7- H7- N2- H8 7 19 10 20 1 180.00 4.60240 2 ; C7- H9- N3- H10 11 1 3 5 1 180.00 4.60240 2 ; H1- C1- C3- C5 [ system ] OUT [ molecules ] ; Compound nmols OUT 1