- c -

• chains() : Topology
• CollisionFrequency() : AndersenThermostat
• computeVirtualSites() : Context
• convertWater() : Modeller
• createCheckpoint1() : Context
• createDisulfideBonds() : Topology
• createExceptionsFromBonds() : NonbondedForce
• createStandardBonds() : Topology
• createSystem() : AmberPrmtopFile , ForceField