- a -

• AddComment() : RNA

- b -

• BreakPseudoknot() : RNA

- c -

• CalculateFreeEnergy() : RNA
• ContainsPseudoknot() : RNA

- d -

• DetermineDrawingCoordinates() : RNA
• Dynalign() : Dynalign_object
• Dynalign_object() : Dynalign_object

- f -

• FoldBimolecular() : HybridRNA
• FoldDuplex() : HybridRNA
• FoldSingleStrand() : RNA
• ForceAlignment() : Dynalign_object
• ForceDoubleStranded() : RNA
• ForceFMNCleavage() : RNA
• ForceMaximumPairingDistance() : RNA
• ForceModification() : RNA
• ForcePair() : RNA
• ForceProhibitPair() : RNA
• ForceSingleStranded() : RNA

- g -

• GenerateAllSuboptimalStructures() : RNA
• GetBackboneType() : RNA
• GetBestPairEnergy() : Dynalign_object
• GetBreakTargetDG() : Oligowalk_object
• GetCommentString() : RNA
• GetDatatable() : Thermodynamics
• GetDuplexDG() : Oligowalk_object
• GetEnsembleEnergy() : RNA
• GetEnthalpyTable() : Thermodynamics
• GetErrorCode() : HybridRNA , RNA , TwoRNA
• GetErrorMessage() : RNA , TwoRNA , Dynalign_object , HybridRNA , Oligowalk_object
• GetErrorMessageString() : RNA , TwoRNA
• GetForbidIntramolecular() : HybridRNA
• GetForcedAlignment() : Dynalign_object
• GetForcedDoubleStranded() : RNA
• GetForcedFMNCleavage() : RNA
• GetForcedModification() : RNA
• GetForcedPair() : RNA
• GetForcedProhibitedPair() : RNA
• GetForcedSingleStranded() : RNA
• GetFreeEnergy() : RNA
• GetLabelXCoordinate() : RNA
• GetLabelYCoordinate() : RNA
• GetLowestEnergy() : Dynalign_object
• GetMaximumPairingDistance() : RNA
• GetNucleotide() : RNA
• GetNucleotideXCoordinate() : RNA
• GetNucleotideYCoordinate() : RNA
• GetNumberOfForcedDoubleStranded() : RNA
• GetNumberOfForcedFMNCleavages() : RNA
• GetNumberOfForcedModifications() : RNA
• GetNumberOfForcedPairs() : RNA
• GetNumberOfForcedProhibitedPairs() : RNA
• GetNumberOfForcedSingleStranded() : RNA
• GetOligoOligoDG() : Oligowalk_object
• GetOligoSelfDG() : Oligowalk_object
• GetOverallDG() : Oligowalk_object
• GetPair() : RNA
• GetPairEnergy() : RNA
• GetPairProbability() : RNA
• GetProgress() : RNA
• GetRNA1() : HybridRNA , TwoRNA
• GetRNA2() : TwoRNA , HybridRNA
• GetSequenceLength() : RNA
• GetStructure() : RNA
• GetStructureNumber() : RNA
• GetTemperature() : Thermodynamics
• GetTm() : Oligowalk_object

- h -

• HybridRNA() : HybridRNA

- m -

• MaximizeExpectedAccuracy() : RNA

- o -

• OligoScreen() : Oligowalk_object
• Oligowalk() : Oligowalk_object
• Oligowalk_object() : Oligowalk_object

- p -

• PartitionFunction() : RNA
• PartitionFunctionBimolecular() : HybridRNA
• PredictProbablePairs() : RNA
• ProbKnot() : RNA

- r -

• ReadAlignmentConstraints() : Dynalign_object
• ReadConstraints() : RNA
• ReadDSO() : RNA
• ReadSHAPE() : RNA
• ReadSSO() : RNA
• ReadThermodynamic() : Thermodynamics
• ReFoldSingleStrand() : RNA
• RemoveBasePair() : RNA
• RemoveConstraints() : RNA
• RemovePairs() : RNA
• RNA() : RNA

- s -

• SetForbidIntramolecular() : HybridRNA
• SetProgress() : Dynalign_object , RNA , HybridRNA
• SetTemperature() : Thermodynamics
• SpecifyPair() : RNA
• Stochastic() : RNA
• StopProgress() : RNA , Dynalign_object , HybridRNA

- t -

• Templatefromct() : Dynalign_object
• Templatefromdsv() : Dynalign_object
• TwoRNA() : TwoRNA

- w -

• WriteAlignment() : Dynalign_object
• WriteConstraints() : RNA
• WriteCt() : RNA
• WriteDotBracket() : RNA
• WriteReport() : Oligowalk_object
• WriteThermodynamicDetails() : RNA

- ~ -

• ~Oligowalk_object() : Oligowalk_object
• ~RNA() : RNA
• ~TwoRNA() : TwoRNA